Pondok Pesantren Al-Muhajirin Sambas didirikan oleh KH Afif Hilal pada tahun 1995. Lokasi Pesantren Al Muhajirin di Jln Natuna No 08 Sapak Hulu, Kecamatan Subah, Kabupaten Sambas, Kalimantan Barat.
Pesantren Al-Muhajirin memiliki visi Berdisiplin, Prestasi dalam Iptek, Unggul dalam Imtaq. Adapun misinya adalah Mengamalkan prinsip Islam sebagai Rahmatan lil’alamin, dan membangun generasi Islam yang bertaqwa, berpengetahuan dan berkepedulian.
Keberadaan Pondok Pesantren Al-Muhajirin mempunyai peran yang penting dalam pendidikan nilai-nilai keislaman di daerah terpencil wilayah Kabupaten Sambas, Kalimantan Barat. Terletak di daerah pedalaman (dekat dengan wilayah perbatasan Indonesia-Malaysia), masyarakat di lingkungan Pondok Pesantren Al-Muhajirin merupakan masyarakat multikultur (lokal dan transmigrasi) yang terdiri dari berbagai suku, agama, dan asal daerah, di antaranya Dayak, Melayu, Jawa, Nusa Tenggara, Sunda, Batak.
Hampir semua anak usia sekolah di wilayah tersebut khususnya pada tingkat sekolah lanjutan baik menengah maupun atas tidak dapat melanjutkan pendidikannya. Hal tersebut dikarenakan kondisi ekonomi dan tempat pendidikan yang sangat jauh. Lalu dibentuklah lembaga Yayasan Pondok Pesantren Al-Muhajirin yang berkarakter amaliyah Annahdliyah, yang menaungi lembaga pendidikan formal Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah.
Pondok Pesantren Al-Muhajirin Sambas memiliki peranan yang strategis dalam membangun generasi yang berakhlak dan berpengetahuan. Lebih dari itu, peran Pesantren Al-Muhajirin telah mampu merekatkan dari berbagai perbedaan di masyarakat yang multi etnis, budaya dan agama, sekaligus dalam sektor-sektor yang lain seperti sosial dan ekonomi dengan mengamalkan prinsip Islam rahmatan lil’alamin.
Dengan menjadi instrumen pengembangan pendidikan yang berbasis pada ajaran agama Islam di wilayah terpencil, Pondok Pesantren Al-Muhajirin tetap istiqamah dalam mendidik santri-santrinya. Dalam bidang pendidikan Yayasan Pondok Pesantren Al-Muhajirin menyelenggarakan pendidikan formal dan non formal.
Pendidikan nonformal melalui pendidikan sistem pesantren bagi santri yang berada di Asrama Putra dan Putri dan Madrasah Diniyah Awaliyah bagi anak-anak sekitar yang tidak mukim di Asrama Pesantren. Metode pengajaran yang digunakan dengan cara klasikal dan sorogan; Al-Qur’an dan kitab kuning seperti kitab Safinah, Sulam Taufiq, Fathul Qorib, Ta’lim Muta’allim, Al-Amtsilah, Jurumiyyah.
Selain bergerak di bidang pendidikan dan keagamaan, Yayasan Pondok Pesantren Al-Muhajirin juga berperan dalam bidang sosial kemasyarakatan melalui panti sosial. Panti sosial dibangun untuk membantu masyarakat yang kurang mampu serta anak yang terlantar agar mendapat perhatian khususnya haknya dalam belajar. Melalui ketiga peran tersebut, di tengah masyarakat yang beragam, Pondok Pesantren Al-Muhajirin telah memainkan peranan yang strategis; mampu melakukan penyebaran dan pendidikan agama yang toleran, dan menjunjung tinggi nilai-nilai kebudayaan untuk mewujudkan prinsip Islam rahmatan lil’alamin.
Pengasuh Pondok Pesantren Al-Muhajirin, KH ‘Afif Hilal mengatakan peran dan kontribusi pesantren kepada masyarakat selama ini merupakan wujud dari harapan dan kepercayaan masyarakat terhadap lembaga Pondok Pesantren Al-Muhajirin. Selain itu ruh dari semangat perjuangannya untuk terus mengembangkan Yayasan Pondok Pesantren Al-Muhajirin menjadi lembaga yang terus berperan aktif dalam membangun akhlak generasi bangsa.
Untuk itu pesantren dilengkapi dengan berbagai fasilitas. Fasilitas berupa gedung Madrasah Tsanawiyah dan Aliyah, asrama santri putra dan putri, panti sosial, mushala putri, kantor, perpustakaan, koperasi, aula.
Sementara untuk kegiatan pegembangan kualitas santri juga didukung dengan ekstrakurikuler seperti kajian kitab-kitab kuning, pembinaan tahfidz dan tilawatil Al-Qur’an, latihan berpidato, Pramuka, pengembangan olahraga, pengembangan shalawat dan kasidah, seni beladiri karate.
