Salah satu cita-cita Pengurus Cabang Nahdlatul Ulama (PCNU) Pacitan, Jawa Timur masa hingga masa khidmat 2001 yang belum terwujud adalah pendirian pendidikan tinggi yang berwawasan Ahlussunnah wal Jama’aah.
Secara kelembagaan mereka tidak berhasil diwadahi pada suatu lembaga pendidikan tinggi milik NU. Potensi yang sangat besar kurang berhasil dimanfaatkan sehingga mengundang keprihatinan tersendiri bagi pengurus NU. Suatu yang naif bila sebuah organisasi kemasyarakatan yang besar anggotanya dan mengurusi masalah sosial, pendidikan dan keagamaan tidak memiliki pendidikan tinggi tempat mendidik para generasi penerus. Pada sisi yang lain, lulusan SLTA yang berangkat dari generasi muda NU di Kabupaten Pacitan sangat besar jumlahnya.
Untuk mewujudkan cita-cita ini, maka PCNU Pacitan mengadakan rapat pada 12 Januari 2003 dan diputuskan struktur panitia persiapan pendirian perguruan tinggi.
Panitia tersebut secara bertahap tapi pasti mulai bekerja mempersiapkan hal-hal yang berkaitan dengan maksud tersebut yaitu mengadakan rapat kerja pada tanggal 17 Januari 2003, yang pada prinsipnya mengarah kepada pembuatan proposal pendirian perguruan tinggi.
Hasil dari rapat kerja ini ditindaklanjuti dengan penyusunan proposal. Hasil tim dari ini adalah proposal pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Pacitan (STAIPA) yang dikirim ke Direktorat Jenderal Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama RI pada 5 Januari 2004.
Pada tanggal 22 Maret 2005 turunlah Surat Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor: Dj. II / 30 / 05, tentang ijin berdiri dan ijin operasional Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Nahdlatul Ulama Pacitan (STIT NU Pacitan).
Tiga Tahun Kemudian mengajukan akreditasi kepada BAN-PT dan keluar SK akreditasi BAN-PT pada 14 Maret 2009 dengan nomor 001/BAN-PT/Ak-XII/S1/III/2009. Pada 2009 juga dengan posisi terakreditasi STIT NU Pacitan harus mengembangkan dengan membuka program studi baru yaitu manajemen pendidikan Islam, serta mengubah status dari STIT NU Pacitan menjadi STAINU Pacitan. Prodi barunya adalah ekonomi syariah dengan surat ijin operasional 1891. Tahun 2012 tertanggal 02 Oktober 2012. Dan saat ini dalam prodi ekonomi syariah dalam proses akreditasi.
